Warwick Universiteti alimlərindən ibarət bir qrupun fəaliyyəti nəzdində, torpaq bakteriyası Streptomyces sclerotialus'den alınan bir DNA parçasının gen mühəndisliyinin aparılması nəticəsində Sklerik turşu (İng. Scleric acid) adı verilən molekul kəşf edilmişdir. Molekulun bakterial infeksiyalara qarşı mübarizədə effektiv olacağı düşünülür.
Christophe Corre və Manuela Tosin liderliyindəki araşdırmaçılar, törəmələri antibiotik olaraq istifadə edilə biləcək olan bu yeni biyoaktif təbii məhsulun xarakteristikasını, Chemical Science jurnalında təqdim etmişlər. Yeni molekül S. sclerotialus (Pune, Hindistanda təcrid olunmuş) genlərində müəyyənləşdirilməmiş bir klasterdə kodlaşdırılmışdır. Bioinformatik analizi, CRISPR / Cas9 gen tənzimlənməsi və analitik kimya vasitələrinin istifadəsi sayəsində, bu qeyri-müəyyənliyi açan elm adamları sklerik turşu aşkar etmişdir.
Bioinformatika vasitələri, DNT sekanslarında kodlanan zülalların müəyyənləşdirilməsinə imkan verir və oynaya biləcək rolu nəzərdə tutur. Yeni təbii məhsulların tədqiqinə yönəlmiş araşdırmaların əksəriyyətində tədqiqatçılar bilinən biosentetik mexanizmlərə uyğun olan mühafizə olunan fermentləri axtarırlar. Bu çalışmada biyosentetik genlərlə əlaqəli qorunan tənzimləyici elementlər hədəf alınmışdır. Bu tamamilə yeni növ biokatalistlər tərəfindən yaradılan təbii məhsulların aşkarlanmasını nəzərdə tutan bir yanaşma olmuşdur.
Araşdırmada təbii məhsulların struktur olaraq yeni bir sinif və eyni zamanda sklerik asidi meydana gətirən tikinti blokları arasında unikal kondensasiya kataliz edən yeni biosentetik fermentlər aşkar edilmişdir. Belə fermentlər qiymətli kimyəvi maddələrin istehsalı üçün biokatalist kimi istifadə edilə bilər.
Maraqlanılan gen topasının ifadəsi və manipulyasiya, sürətli və məhsuldar CRISPR / Cas9 əsaslı gen tənzimləmə texnologiyası istifadə edilərək, ikinci bir orqanizmdə reallaşdırılmışdır. Bu, maraqların bakterial növlərini yaratmaq üçün bir protokolun optimallaşdırılmasına ehtiyac yoxdur deməkdir. Bu yanaşma, genetik olaraq çalışması güc bakteriyalarda və hətta metagenomlarda (birbaşa ekoloji nümunələrdən əldə edilən genetik daşıdığı) təyin gen çoxluqlarını faydalanılacaq şəkildə inkişaf etdirilə bilər.
Araşdırmaçılar, sklerik turşunun ola biləcək antibiotik güclərini sınamış və Mycobacterium tuberculosis'e (H37Rv) qarşı bir miqdar antibakterial fəaliyyət göstərdiyini tapmışdır (zəncirin böyüməsi üzərində 32 % nisbətində təyziq). Sklerik turşu ayrıca nikotinamid N-metil transferaz (NNMT) adlı metabolik fermentlə əlaqələndirilən xərçəng üzərində zəiflədici fəaliyyət sərgiləmişdir.
Son on ildə Corre qeyd edir ki,, xüsusən DNT sıralamasında, bioinformatika, mikrobial genetik mühəndisliyi və analitik kimya sahəsində texnoloji inkişaflar sayəsində yeni dövrə qədəm qoyulmuşdur. O, bakteriyaların genomlarının istifadəsi üçün yeni strategiyaların hazırlandığını və yeni molekulların toxunulmamış mənbəyinə, xüsusən də yoluxucu xəstəliklərin müalicəsində işləyə biləcəyinə inanır.
Sintetik biologiyanı istifadə edərək tədqiqat göstərir ki, imla səviyyəsində kilidlərin dağıdılması tamamilə yeni bioaktiv maddələrin istehsalına səbəb olur. Növbəti böyük mərhələdə DNT səviyyəsində tələyə alınmış minlərlə təbii məhsulu xarakterizə etmək üçün avtomatlaşdırma və robotlardan istifadə edilməsi gözlənilir
Mənbə:Researchers wake-up DNA from soil bacteria to discover novel acid antibiotichttps://phys.org/news/2018-10-wake-up-dna-soil-bacteria-acid.html